宇宙世纪0096──在「夏亚之乱」三年后，住在工业殖民卫星的平凡少年巴纳吉．林克斯，因为与神秘少女奥黛莉．伯恩的意外相逢，而被卷入一连串围绕著「拉普拉斯之盒」的事件。这个随著宇宙世纪开辟而诞生的「盒子...

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宇宙世纪0096──在「夏亚之乱」三年后，住在工业殖民卫星的平凡少年巴纳吉．林克斯，因为与神秘少女奥黛莉．伯恩的意外相逢，而被卷入一连串围绕著「拉普拉斯之盒」的事件。这个随著宇宙世纪开辟而诞生的「盒子」，据称一经开启将导致联邦政府终结……在化为战场的殖民卫星中，巴纳吉与父亲重逢了，但这次的重逢却也成为死别。而巴纳吉也坐上了命运的白色MS独角兽钢弹，传说中的独角兽终于正式启动……搭上独角兽钢弹的巴纳吉，在自己不明究理的状况下击退了玛莉妲的攻势。但此举却也引起有「红色彗星再世」之称的弗尔．伏朗托的注意，并亲自以MS新安州对拟．阿卡马发动攻击。但就在这一刻，奥黛莉却要巴纳吉跟自己一起逃走？「红色彗星」伏朗托再度出现，并以红色MS「新安州」袭击拟．阿卡马。联邦军虽以揭穿奥黛莉就是萨比家遗孤米妮瓦之事提出交换条件，却未获接受。巴纳吉为了奥黛莉，决定以独角兽钢弹出击与新安州对阵，却因为玛莉妲的刹帝利加入战局而败北，独角兽钢弹也因而落入伏朗托手中！与独角兽钢弹一起被新吉翁带回的巴纳吉，被带去与弗尔．伏朗托会面。而巴纳吉也看到了伏朗托面具下的真面目，他真的是当年的「红色彗星」夏亚吗？另外联邦方面为了将