以「勇往翔前」为信条，凡事都勇于挑战的少年九十九游马，玩怪兽决斗卡的技术却是非常非常的弱！面对同班同学铁男已经50连败的他，某一天却因一时意气，而不得不与打败铁男的超级高手，同时也是学校内的头号不良少...

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以「勇往翔前」为信条，凡事都勇于挑战的少年九十九游马，玩怪兽决斗卡的技术却是非常非常的弱！面对同班同学铁男已经50连败的他，某一天却因一时意气，而不得不与打败铁男的超级高手，同时也是学校内的头号不良少年神代凌牙决斗！连一张超量怪兽卡的游马，当然不可能打赢凌牙。就在千钧一发之际，他开启了时常出现在他噩梦中的门，唤出了神秘生命体「星光体」……！狩猎编号怪兽的编号怪兽猎人快斗现身！为了弟弟而努力收集编号怪兽的他，背后有著神秘的黑幕操控…快斗找上了拥有编号怪兽的游马，究竟游马与阿斯特拉尔要怎么应付!?为了收集编号怪兽而潜入心之地后，游马与阿斯特拉尔遭逢第２名刺客雷电闪光！对方擅长的是只要超前就特别有利的高速对决，两人将会采取什么样的作战…!?神秘少女．□那出现在凌牙面前！突然接到她的挑战的凌牙，在决斗中获胜后，获得了新的力量。另一方面，游马他们为了阻止菲卡博士的野心，社团开始认真收集编号怪兽，不过…!?快斗极力想保护晴人不被编号怪兽大战波及，然而八云却将晴人强行掳走，更派出刺客攻击快斗！游马也赶到现场，却看到快斗深陷劣势……快斗有办法逆转吗!?在决斗中落入幽影的陷阱，快斗与凌牙就这么受困。为了