自从日本开发出只有女性才能操纵的飞行超兵器“IS”（Infinite Stratos）之后，世界发生了翻天覆地的变化，女性的地位被提升到优先准位。 InfiniteStratos培育IS操纵者的学校“...

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自从日本开发出只有女性才能操纵的飞行超兵器“IS”（Infinite Stratos）之后，世界发生了翻天覆地的变化，女性的地位被提升到优先准位。 InfiniteStratos培育IS操纵者的学校“IS学院”每年接纳来自世界各地的优秀候补生少女。然而，主人公织斑一夏虽然是个男生却不知因为什么原因能够启动IS，因此他被强制送入了IS学院就读。织斑一夏从此成为女校中的万红丛中一点绿，从他青梅竹马的剑道少女箒开始，不同国籍不同性格的少女们围绕著织斑一夏开始了一场波澜壮阔恋爱战斗剧场。＜IS＞是一种只对女性有反应的兵器，但明明是个男生的一夏却能够发动它。因为这个缘故，一夏被强制送到培育IS操控者的IS学园就读。为了对各国送来的IS与装备进行启动实验，一夏他们参加了三天两夜的临海学校之行。另一方面，□也终于得到专用机「红椿」。然而实验中，一台名为「银色福音」的IS却突然失控。军方希望可以让IS学园的代表候补生们来阻止这件事，但──