故事的背景设定在明治初期，正当文明开化的时候，这个时期喜欢漫画的都应该知道，没错，就是某疤面剑客决战绷带杀人狂的时候，确切的说，应该是两种文明开始冲突的时候。故事的地点，是已经被无数怪兽、恶魔、机兵袭...

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故事的背景设定在明治初期，正当文明开化的时候，这个时期喜欢漫画的都应该知道，没错，就是某疤面剑客决战绷带杀人狂的时候，确切的说，应该是两种文明开始冲突的时候。故事的地点，是已经被无数怪兽、恶魔、机兵袭击过的帝都东京。仓桥镇 天真的少女，喜欢看书，如果不是因为身体总是发生奇怪的状况，应该是过著平常的生活，可是，镇总是莫名的晕倒，而当她醒来，自己已经远离了原来的地方，而这段时间的记忆，也会完全消失。直到有一天，为了调查离奇事件的密探来到她身边。事情，才渐渐有了眉目。原来，镇的母亲把具有强大力量的九十九神封在了她的体内，是保护，也是责任而同时，另一伙利用九十九神的人出现了。接著···由命运引导的对抗，开始了。舞台背景是明治时期，正值文明开化的帝都．东京。十六岁的少女仓桥镇，其父亲是个阴阳师，母亲则是具有召神能力的「护法实」。她所揹负的命运，是如何将身上的三柱「九十九神」操纵自如，解除东京陷入黑暗的危机……遭到九十九神寄生的虎源太失去了理智，挟持了镇消失在天际。当镇醒来之后，发现自己身处在「沉睡森林」，而身旁的虎源太却失去意识，奄奄一息，为了治疗虎源太，镇决定动身前往上野…